Tras ser elegido en las urnas como sucesor de Núñez, el nuevo presidente del Club, Joan Gaspart, lo confirmó oficialmente como director técnico y entrenador azulgrana. Serra Ferrer ya formaba parte del equipo técnico de la Entidad desde el mes de julio de 1997, cuando dejó el banquillo del Betis para hacerse cargo del fútbol base del Barça. El técnico mallorquín inició su trayectoria como entrenador en el Poblense, donde estuvo cinco temporadas.
Posteriormente dirigió el filial del Mallorca, y la campaña 1985/86 pasó a entrenar al primer equipo, con el que consiguió dos ascensos a Primera División. La temporada 1993/94 fichó por el Betis, y ese mismo año llevó el conjunto andaluz a la máxima categoría del fútbol español. La campaña siguiente el Betis acabó la Liga en tercera posición y consiguió una plaza para la Copa de la UEFA, y la temporada 1996/97 jugó la final de Copa ante el Barça. Esta brillante trayectoria en el banquillo bética le permitió ingresar a nuestro club, donde después de tres años como máximo responsable de la cantera pasó a dirigir el primer equipo.
En su etapa como técnico del equipo fue eliminado en la primera liguilla de la Liga de Campeones y pasó a disputar la Copa UEFA, en la que el Liverpool impidió la clasificación para la final. El 23 de abril del año 2001, después de perder un partido de Liga contra Osasuna, fue sustituido por Carles Rexach y volvió al equipo técnico del Club. Un año más tarde Serra Ferrer se desvinculó definitivamente de nuestra entidad.
