Futbolista que tanto jugaba de extremo, de interior o como media punta, era un jugador muy técnico que empezó en el alevín del club, con 10 años, y fue pasando por todas las categorías inferiores. En el Barça B formó parte de la conocida como “La lleva del mini” donde había jugadores como Oscar y Roger Garcia Junyent, Toni Velamazán, Celades,

Quique Álvarez o Ivan De La Peña. Fue miembro del primer equipo durante una temporada (1995-96) con una actuación destacada en un partido de Copa en qué marcó dos goles ante el Numancia. Posteriormente volvió al Barça B, y después jugó en otros equipos de la segunda división. En 2010 colgó las botas en el FC Cartagena.

Después de una larga etapa en las categorías inferiores del FC Barcelona y de llegar hasta el último escalón jugando con el filial, Juan Carlos Moreno debutó con el primer equipo en la primera jornada de la campaña 1995-1996. Fue en el Nuevo José Zorrilla ante el Valladolid. Johan Cruyff le dio la alternativa haciéndolo entrar al césped en el minuto 40 sustituyendo al lesionado Ángel Cuellar. El Barça acabó ganando por 0 goles a 2. De la etapa de Moreno en el Barça se recuerda especialmente la eliminatoria de Copa del Rey del 1996 ante el Numancia. En el partido de ida, disputado en Los Pajaritos, los de Cruyff empataron a 2. Las dos dianas fueron obra del entonces delantero de solo 20 años Juan Carlos Moreno. A pesar de sus buenas actuaciones cada vez que participaba con el primer equipo, la temporada siguiente volvió al filial puesto que se ficharon a muchos jugadores y la competencia era muy grande. En el curso 1997-1998 marchó finalmente del club para seguir compitiendo en el Albacete de Segunda División. Después de una año volvió a Cataluña para ponerse la camiseta del Lleida donde firmó por 3 temporadas, a pesar de que entre medio fue cedido un curso al Recreativo de Huelva. Dos etapas breves en el Extremadura y en el Terrassa fueron la antesala de su fichaje por el club donde más temporadas jugó y donde logró la regularidad tan esperada en todo futbolista, el Numancia. Allá se proclamó campeón de la Segunda División Al año 2008. Después de siete años en Soria, el último participando como cedido en el FC Cartagena, Juan Carlos Moreno se retiró del fútbol en el 2010.