Centrocampista vasco que destacó en el Valencia, equipo en el que jugó durante ocho temporadas, y donde demostró sus habilidades para controlar el centro del campo y para la construcción del juego ofensivo. Llegó al Barça cedido por la Lazio e hizo una temporada muy regular, mostrando su técnica y fortaleza física. Al finalizar el campeonato se fue al Middlesbrough inglés.

Su gran actuación defendiendo el escudo del Valencia durante ocho temporadas -con quien, entre otros logros, llegó a dos finales de la Liga de Campeones- le llevó a fichar por uno de los entonces grandes del continente, como era la Lazio italiana. Al cabo de un año se incorporó como cedido al Barça. Fue un año difícil a nivel deportivo, con tres entrenadores diferentes: Louis Van Gaal, Toño De La Cruz y Radomir Antic. El equipo pudo entrar en Europa por los pelos quedando sexto clasificado en la Liga. Mendieta, que se erigió como uno de los fijos en los onces de aquel Barça, debutó ya en el primer partido oficial aquella temporada. Fue en la ida de la fase previa de la Champions ante el Wisla de Cracovia, con un claro 3 a 0 para los azulgranas. El Camp Nou también fue testigo de su último partido con el Barça. Los de Radomir Antic derrotaron en la última jornada al Celta de Vigo por 2 a 0. Volvió a Roma para jugar con la Lazio, pero sin deshacer la maleta se marchó al Middlesbrough, donde jugó cinco temporadas antes de retirarse en 2008.

Internacional con la selección española en 40 partidos