Pronto se convirtió en una de las piezas básicas del Barça B y, el 6 de octubre de 2001, por fin cumplió el sueño de debutar con el primer equipo. Bajo las órdenes de Carles Rexach, saltó al terreno de juego en un partido de Liga en Riazor ante el Deportivo de La Coruña. Tras cuatro temporadas en el Barça, una de ellas cedido en el Albacete, fichó por el Mallorca.

Ingresó en las categorías inferiores del FC Barcelona el 1 de julio de 1993 procedente del Club de Fútbol Trajana, equipo en el que militaba desde 1987. Tras su paso por el filial, en la temporada de su debut con el primer equipo, la 2001-2002, Fernando Navarro acabaría jugando tres partidos de Liga y el de Copa del Rey contra el Figueres. En el curso siguiente, el 2002-2003, se ganó el puesto de titular en el lateral izquierdo del primer equipo. Desgraciadamente, cayó lesionado de gravedad en un partido de Liga ante el Sevilla, en el Camp Nou, el 15 de diciembre de 2002. Hasta entonces había disputado un total de 30 partidos en aquella temporada. A partir de ese momento, la recuperación de su rodilla fue la única obsesión de este joven defensa. Después de casi un año alejado de los terrenos de juego, reapareció en un amistoso disputado en Oporto el 16 de noviembre de 2003. En enero de 2004 se marchó cedido al Albacete, donde jugó hasta final de temporada. En la campaña 2004-2005, la de regreso al FC Barcelona, ​​disputó un total de 23 partidos, proclamándose campeón de Liga. Posteriormente jugó en el Mallorca, Sevilla y Deportivo, donde se retiró en 2018.

Palmarés:

1 Liga (2004-2005)

1 Eurocopa con la selección española (2008)

2 Europa League con el Sevilla (2013-2014 y 2014-2015)

Internacional con España en 2 partidos